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镜像概览

完整引用
docker.io/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu
Registry
docker.io
命名空间
kenjikamimoto126
仓库
celloracle_ubuntu
已缓存 Tag 数
7
最近同步
07/06/2026, 12:34 PM
相关主题
数据库与缓存

简介

CellOracle 单细胞基因组分析 Ubuntu 科研镜像，预装 Python/R 生物信息学依赖，面向交互式 Jupyter 分析而非常驻 Web 服务。

详细介绍

kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu 封装 CellOracle 轨迹推断与基因调控网络分析环境，典型在 docker run -it 交互 shell 或 Jupyter 中跑单细胞 RNA-seq 流程。定位为科研一次性/交互环境，非生产在线 API；数据经 volume 挂载表达矩阵与结果目录。与 celloracle/celloracle 官方 pip 安装相比环境预配置；K8s 场景应使用 JupyterHub 或 Job 而非长期 Deployment。

快速启动

docker run -it --rm \
  -v $(pwd)/data:/data \
  -p 8888:8888 \
  docker.io/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu:latest \
  jupyter lab --ip=0.0.0.0 --allow-root

推荐实践

docker run -it --name celloracle \
  -v /data/scrna:/data:ro \
  -v /data/celloracle/out:/output \
  -p 8888:8888 \
  -e JUPYTER_TOKEN=strong-token \
  docker.io/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu:1.0.0 \
  jupyter lab --ip=0.0.0.0 --NotebookApp.token=$JUPYTER_TOKEN

核心参数说明

  • -v .../data:... — 单细胞数据只读挂载
  • -v .../out:... — 分析结果输出
  • -p 8888:8888 — Jupyter Lab 端口
  • -e JUPYTER_TOKEN — Notebook 访问令牌
  • 定位 — 科研交互/批处理
  • 固定 tag — CellOracle 与依赖版本 pin

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docker.io/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu
:0.18.0
linux/amd64
2024/04/01 03:394.4 GBsha256:9300758ab39d…
docker.io/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu
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linux/amd64
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docker.io/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu
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linux/amd64
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docker.io/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu
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linux/amd64
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linux/amd64
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docker.io/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu
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linux/amd64
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docker.io/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu
:0.10.11
linux/amd64
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