ncbi/pgap-utils 提供 Prokaryotic Genome Annotation Pipeline 辅助工具集，研究者挂载细菌/古菌组装序列，在容器内运行 pgap.py 或相关脚本生成 GFF 注释。与在线 NCBI 提交相比可离线批量运行，但依赖大参考数据库卷，首次下载耗时长。设计为 CLI 批处理 Job，Kubernetes 中应使用 Job 挂载 input/output PVC 与 refseq 数据库卷，而非 Deployment 长期副本；计算密集任务需分配足够 CPU 与内存。

快速启动

docker run --rm \
  docker.io/ncbi/pgap-utils:latest \
  pgap.py --version

推荐实践

docker run --rm \
  -v /data/genomes:/input -v /data/annotated:/output \
  -v /data/pgap-ref:/ref \
  docker.io/ncbi/pgap-utils:2024-01 \
  pgap.py -i /input/assembly.fasta -o /output -r /ref

核心参数说明

• -v /data/genomes:/input — 输入 FASTA 组装文件
• -v /data/annotated:/output — GFF/注释结果输出
• -v /data/pgap-ref:/ref — PGAP 参考数据库目录
• --rm — 批注释任务结束释放容器
• 固定 tag — 与 NCBI 参考数据版本对齐
• 定位 — 生物信息 CLI Job，非 Web 服务