xTag

Overview

Full name
docker.io/trinityctat/starfusion
Registry
docker.io
Namespace
trinityctat
Repository
starfusion
Cached tags
28
Last synced
07/06/2026, 09:00 PM

Introduction

StarFusion 生物信息学融合基因检测工具镜像，基于 STAR 与 Fusion 算法识别 RNA-seq 融合转录本，用于肿瘤与科研分析流水线。

Details

StarFusion 是 TRinity CTAT 项目组件，输入 BAM/FASTQ 与参考基因组注释，输出候选融合基因列表。镜像封装依赖与 Perl/Python 脚本，适合 WDL/CWL 流水线或 HPC 单次任务。运行需挂载测序数据、参考基因组索引与大容量临时目录；CPU/内存需求随样本深度显著增加，通常以 --rm 批处理而非长期服务运行。

快速启动

docker run --rm --name starfusion \
  -v /data/rnaseq:/data \
  -v /ref/GRCh38:/ref \
  docker.io/trinityctat/starfusion:latest \
  --help

推荐实践

docker run --rm --name starfusion \
  -v /data/sample:/data/sample:ro \
  -v /ref/CTAT_Human:/ref \
  -v /tmp/starfusion:/tmp \
  docker.io/trinityctat/starfusion:1.12.0 \
  star-fusion --left_fq ... --right_fq ... --genome_lib_dir /ref

核心参数说明

  • -v /ref/CTAT_Human — CTAT 基因组库目录（需预构建）
  • -v /data/sample — 输入 FASTQ 或 BAM
  • -v /tmp/starfusion — 临时文件，避免根分区写满
  • --rm — 分析任务结束即销毁容器
  • 资源 — 按样本深度分配多核 CPU 与 ≥32GB 内存

Latest tags (20)

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TagArchPushed AtSizeDigestSyncWishAction
docker.io/trinityctat/starfusion
:latest
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docker.io/trinityctat/starfusion
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linux/amd64
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linux/amd64
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linux/amd64
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