Overview
- Full name
docker.io/gglyptodon/helixer-docker- Registry
- docker.io
- Namespace
- gglyptodon
- Repository
- helixer-docker
- Cached tags
- 11
- Last synced
- 07/06/2026, 12:18 PM
Introduction
Helixer 基因组注释深度学习镜像，对真核生物 DNA 序列预测基因结构，面向生物信息学批处理与 HPC/GPU 工作站。
Details
gglyptodon/helixer-docker 封装 Helixer 基因预测模型与推理脚本，读取 FASTA 序列输出 GFF3 注释。典型用于科研团队本地或集群跑基因组注释流水线，与 Braker 等传统工具相比更依赖 GPU 加速。定位为批处理/交互任务，大基因组需挂载数据卷并预留 GPU；K8s 场景应使用 GPU Job 而非无 GPU 的常驻 Deployment。
快速启动
docker run --rm \
-v $(pwd)/data:/data \
docker.io/gglyptodon/helixer-docker:latest \
Helixer.py --fasta /data/genome.fa --output /data/out
推荐实践
docker run --rm \
--gpus all \
-v /data/genomes:/data:ro \
-v /data/helixer-out:/output \
-w /output \
docker.io/gglyptodon/helixer-docker:0.3.2 \
Helixer.py --fasta /data/genome.fa --lineage land_plant \
--output /output --threads 8
核心参数说明
--gpus all— GPU 推理加速（推荐）-v .../genomes:...— FASTA 输入只读挂载-v .../helixer-out:...— GFF3 结果输出--lineage— 进化谱系模型选择--threads— CPU 辅助线程数- 固定 tag — 模型权重版本 pin