Overview
- Full name
docker.io/biochunan/esmfold-image- Registry
- docker.io
- Namespace
- biochunan
- Repository
- esmfold-image
- Cached tags
- 5
- Last synced
- 07/06/2026, 07:21 PM
Introduction
ESMFold 蛋白质结构预测镜像，基于 Meta ESM 模型从氨基酸序列推断 3D 构象，需 NVIDIA GPU 与较大显存，面向计算生物学批处理。
Details
esmfold-image 打包 ESMFold 推理环境与预置权重，输入 FASTA 序列输出 PDB/mmCIF 结构文件，常用于药物靶点分析与突变效应评估。与 AlphaFold 相比推理更快但精度场景不同，必须 --gpus all 并挂载模型缓存目录。容器以批处理或 Jupyter 交互运行，不适合作为无 GPU 的 Kubernetes Deployment 长期副本；集群侧应使用 GPU Job/CronJob 并 pin 节点。
快速启动
docker run --rm --gpus all \
-v $(pwd)/input:/input -v $(pwd)/output:/output \
docker.io/biochunan/esmfold-image:latest \
predict --fasta /input/seq.fasta --out /output
推荐实践
docker run --rm --gpus all \
-v /data/models:/models \
-v /data/fasta:/input \
-v /data/pdb:/output \
-e CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 \
-e ESMFOLD_CACHE=/models \
docker.io/biochunan/esmfold-image:1.0.0 \
predict --fasta /input/batch.fasta --out /output --chunk-size 4
核心参数说明
--gpus all— 启用 NVIDIA GPU 推理-v /data/models:/models— 模型权重缓存目录-v .../fasta/-v .../output— 输入序列与输出结构-e CUDA_VISIBLE_DEVICES— 指定 GPU 编号-e ESMFOLD_CACHE— 权重下载与缓存路径--rm— 批处理完成后释放容器
Latest tags (20)
View all 5 tags →| Tag | Arch | Pushed At | Size | Digest | Sync | Wish | Action |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
docker.io/biochunan/esmfold-image :latest | linux/amd64 | 2024/05/06 18:00 | 13.3 GB | sha256:ab1eda38872c… | |||
docker.io/biochunan/esmfold-image :nonroot-devel | linux/amd64 | 2024/05/05 10:28 | 20.7 GB | sha256:24d3d20f1981… | |||
docker.io/biochunan/esmfold-image :nonroot-runtime | linux/amd64 | 2024/05/05 10:24 | 6.1 GB | sha256:b4eae22468a8… | |||
docker.io/biochunan/esmfold-image :root-runtime | linux/amd64 | 2024/05/05 10:23 | 6.0 GB | sha256:a9fddd9a0fcf… | |||
docker.io/biochunan/esmfold-image :root-devel | linux/amd64 | 2024/05/05 10:22 | 13.3 GB | sha256:ab1eda38872c… |